后藤新平一方面对台湾的民众实施苛酷的鞭挞，但在另一方面又施以怀柔政策，以所谓的”治台三策”为幌子，玩耍猫哭老鼠的伎俩，处心积虑地推行帝国主义的殖民统治政策。在对台湾的经营中，他将其”生物学的殖民地经营原则”发挥得淋漓尽致。后藤新平以”渐进同化”为目标，大力推行统一台湾的币制，以促进金融与商业的流通;同时还推动各种交通运输企业及铁路、海港、公路等交通设施的建设;开发水利与火利发电厂，从而奠定了台湾发展工业的动力基础;他还在台湾原本就有良好基础的蔗糖业中，引进新式制糖技术、经营模式以及大量资本，促使台湾的蔗糖和稻米产业有了很快的发展。儿玉源太郎虽然是这一阶段的台湾总督，但他又于1900年12月兼任了伊藤博文内阁中的陆军大臣;1903年7月出任桂太郎内阁的内务大臣;1904年日俄战争爆发后，又即任满洲军总参谋长。因此，有”缺席总督”的称谓。从1898年至1906年的8年间，在台湾地区积极推行日本殖民统治政治的魁手就是时任民政长官的后藤新平。由于其所谓的政绩，获得了”殖民地经营家”的称谓。1903年8月成为贵族院议员，1906年封男爵，立铜像以旌其功。
后藤新平作为一位殖民地的经营开发者，其出发点自然是不会为殖民地的民众谋取社会福利的。相反这些开发却带有强烈的剥削压迫和掠夺的性质。比如他所竭力建设的阿里山登山铁路的开发，其实就是着眼于丰饶的森林资源;而大量的日本国内资本大量流向台湾的蔗糖业，则使得台湾本土的糖商与蔗农受尽了盘剥。后藤新平就曾多次于不同的场合提出过这样的观点，殖民地的行政计划在进步的情况下，应不失时机地根据生物学的原则，发展农业、工业、卫生、教育、交通、警察等，如果上述各项均能够完成，那么就完全可以在生存竞争中获得保全及胜利。
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