根本原因还是，变法所造成的社会矛盾。
历史上所有的变法都是利益再分配，有得到好处的，就有利益受损的。这也是为什么所有的变法都伴随着激烈的政治斗争，没有哪个阶层或团体会心甘情愿让自己在变革中受到损害。商鞅变法中的秦国旧贵族是这样，秦朝统一后的六国贵族是这样，汉代“清君侧”中的诸侯王们是这样，王安石、张居正变法，乃至戊戌变法中所有的守旧势力都是这样。
商鞅变法中得益的是平民阶层，受损害的都是贵族。想想看，你本来过得好好的，有权有势，锦衣玉食，你觉得自己也有能力，也愿意为国家出力。这天一个外来户来到秦国，莫名其妙就被国君委以重任，你原本的工作做得好好的，转眼就被安排了一个闲职，权力都移交给了变法集团。接下来，废井田开阡陌让你和其他贵族们失去了土地，军功爵让你们失去了地位，必须得和那些平民们一起杀敌才能重新获得爵位，甚至和自己有牵连的官员犯了罪，你也要被连坐，连“刑不上大夫”的惯例都被打破，你有可能像太子傅那样被脸上刺字、被割鼻子、被流放……你受得了这样瞬间失去一切的现实吗？
旧贵族对商鞅的仇恨是必然的，也是可以理解的，而且这种矛盾无法调和，只有以其中一方的死亡作为终结。老实说，秦孝公和商鞅真的是手下留情了，史料中我们没有找到他们处死旧贵族的证据，很可能他们是希望以平和的方式，让时间自动淘汰这些守旧者。但最终，他们都没能跑过时间。所以只有以商鞅的血，才能弥补社会矛盾造成的裂痕。
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