严格来说，女娲娘娘和玉皇大帝属于两个不同的神话体系，两者之间没有任何联系。但是从文化历史的角度来看，两者又代表着两个不同的氏族社会(母系氏族社会和父系氏族社会)体系下所衍生出的宗教，所以又着一定的继承关系。
女娲娘娘代表着母系氏族社会
女娲作为上古神话中抟土造人、以身补天的大神。是我国的人文始祖之一，上古神话体系中不可缺少的神祗之一。如果说开天辟地的盘古是华夏民族的父神的话，那么女娲娘娘就是华夏民族真正的母神。同时女娲娘娘还是大地之神，音乐之神（传说女娲娘娘发明了笙簧），也是婚姻之神，相传轩辕黄帝曾为娲皇举行盛大的郊祀仪式。关于女娲娘娘在很多古籍中均有记载，如《楚辞》、《山海经》《淮南子》《礼记》《汉书》等，对于女娲娘娘的崇拜从一定程度上反应了华夏先民在母系氏族时期的女性地位。
玉皇大帝代表的是父系氏族社会
随着母系氏族的衰落，父系氏族社会的建立，男性的地位开始上升，反应到宗教中，最明显的体现就是男性神祗开始增多。而母神崇拜也即女娲崇拜，也就被随后产生的父系神崇拜所取代，最明显的例子就是开始崇拜天的化身“昊天上帝”或者“东皇太一”
据古文献记载，虞舜、夏禹时已有昊天上帝，称为类。在殷商甲骨文中，昊天上帝称帝，或称上帝如《尚书》“商书·伊训第四”中提到：“惟上帝不常，作善降之百祥，作不善降之百殃。”
凡此种种，无不体现了父系氏族社会建立后，神灵崇拜的变迁。
而玉皇大帝作为道教中仅次于三清的大神（也有说高于三清），是道教中三界六道的最高管理者（三清象征“道”并不管具体事宜），其形象出现的反倒比较晚，早期道教奉祀的也是昊天上帝或者东皇太一，直到北宋真宗时期昊天上帝和东皇太一的形象经过道教的发展演变形成了玉皇大帝的形象，并由皇帝亲自加封，进入了国家奉祀体系，成为了统管三界六道的神王，天界众神的领袖。
而同样随着道教的兴起，女娲娘娘这位至人娘娘、大地之神也不可避免的被加以吸收改造。成为了道教四御之一的承天效法后土皇地祗，并将其和紫微大帝、勾陈上皇等并列（地位低于玉皇大帝），从而将女娲娘娘的大地女神的信仰融合到了道教信仰之中。
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